Fakultas Kedokteran UIN Sunan Ampel Surabaya memiliki visi menjadi lembaga pendidikan kedokteran yang unggul dan kompetitif bertaraf internasional dengan berlandaskan pada nilai-nilai Islam. Dalam upaya mewujudkan visi tersebut, fakultas ini berkomitmen untuk menyelenggarakan pendidikan kedokteran yang berkualitas dan inovatif, didukung oleh penelitian yang relevan dan berdampak positif bagi masyarakat.

Menjadi Fakultas kedokteran yang unggul dan kompetitif bertaraf internasional dalam komunitas pesantren pada Tahun 2044.